El 31 de agosto de 1890 comenzó a funcionar la estación con el nombre "Treinta y Tres", bajo la administración de Ferrocarril Uruguayo del Este.
Sus principales destinos eran las actuales ciudades de Minas, Melo y Treinta y Tres. Contaba con un total de 10 funcionarios.
En 1912 la estación comienza a llamarse "Estación Manga" y, con el desarrollo del ferrocarril, fue cobrando una importante trascendencia.
Se construyó una playa de maniobras que contaba con envíos que servían para descongestionar los ferrocarriles de las estaciones Peñarol y Carnelli.
A partir del siglo XX el Estado asignó a Central Uruguay Railway como nueva administradora ferroviaria hasta 1934.
Actualmente la Estación Manga se encuentra bajo la esfera de la Administración de Ferrocarriles del Estado (AFE ).